Furtado se narodila v Kanadě a pochází ze tří dětí. Dětství prožila ve Victorii . Její rodiče Maria Manuela a Antonio Jose Furtado pocházejí z Portugalska. Nely dostala jméno po sovětské gymnastce Nellie Kim.



Rodiče Nelly Furtado emigrovali z Poetugalska do Kanady na začáku 80. let. Rodiči byla společně se sourozenci vedena ke vztahu k oběma kulturám, a proto umí i výborně Portugalsky.

Toto míšení kultur od dětství na ni mělo vliv, první písničky, které skládala, byly vesměs dvojjazyčné. Později se ve škole začala učit i španělsky a hindsky.



Jelikož její rodiče neměli mnoho peněz, chodila od mladých let do práce, se svou matkou pracovala jako pokojská, později dostala místo hospodyně. Jak později přiznala v jednom rozhovoru, toto ji pomohlo objevit své pravé já a navedlo ji na pozitivní cestu.



První vystoupení měla Furtado v kostele se svou matkou při oslavách Portugalského dne. Když jí bylo devět, začala se učit hrát na pozoun a ukulele, později i na kytaru a klávesy.



Ve dvanácti letech začala hrát ve své první skupině. Zpívali tehdy portugalsky a texty psala Nelly. V pozdějších letech jí začali hlavně ovlivňovat různí DJové a rappeři. Během návštěvy Toronta v roce 1996 se potkala s kanadskou hip-hopovou kapelou Join to Ranks a to ji nejvíce ovlivnilo. V létě 1996 se dala dohromady s duem Nelstar a Newkirk a společně začali koncertovat. O pár let později se všichni osamostatnili a Nelly nahrála pár demo nahrávek, se kterými začala obcházet hudební nakladatelství, nejvíce pozornosti se těšila v nakladatelství DreamWorks.